Con el propósito de guiar la selección de materiales de propagación adaptados al sitio de establecimiento, se han elaborado un mapa de zonas ecogeográficas. Se elaboró el mapa de zonas ecogeográficas solo para Perú y Ecuador y no para los cuatros países centroamericanos (Nicaragua, Honduras, El Salvador, Guatemala), utilizándose una metodología diferente para la selección de la lista de bancos de germoplasma, jardines clonales y viveros en estos cuatros países.
Por zonas ecogeográficas se entienden regiones caracterizadas por variables climáticas y ambientales similares dentro del área idónea para cacao e indican áreas dentro de las cuales determinados materiales de propagación pueden ser transferidos a nuevos lugares con mayor probabilidad de adaptación y un riesgo mínimo de alteración de patrones genéticos. Las zonas ecogeográficas referenciadas en el mapa son el resultado de un análisis de conglomerados con base en variables de suelo y clima. El mapa actual se ha proyectado para varios escenarios climáticos (RCP4.5 y RCP8.5) y horizontes en el tiempo (años 2030, 2050 y 2070), con el fin de predecir posibles cambios en la distribución de las diferentes zonas ecogeográficas bajo condiciones de cambio climático. De esta forma, se prevé que una zona ecogeográfica cambie a futuro, se recomienda emplear tanto material de propagación de áreas que pertenezcan a la zona ecogeográfica actual como también material de áreas que actualmente correspondan a la(s) zona(s) ecogeográficas proyectadas para el futuro en el sitio seleccionado.